tarpu kita kariuomenė ėmė tas vietoves, kurios galėjo būti pavojingos Velikie Lūki įgulai: IX 29 Dorohostaiskis paėmė Ne-velį, X 23 Zamoiskis Zavolotę, X 12 lietuviai Ozeriščę. Tuo būdu buvo atgautos beveik visos Lietuvos Didžiosios Kunigaikštijos žemės, anksčiau priklausiusios Poloc-kui ir Vitebsko sričiai.
Šio antrojo S. B. žygio prieš maskviečius metu Jonas IV buvo pasyvus ir stengėsi tiesiogiai derybomis su S. B. ir, tarpininkaujant vokiečių imperatoriui, pasiekti taiką, net labai S. B. nusileisdamas.
Tuomet 1581 pradžioje karalius vėl sušaukė Varšuvoje seimą, karui su Maskva reikalaudamas naujų kreditų. Kartu ėjo derybos ir su atsiųsta Maskvos (Kremliaus) delegacija. Kadangi paaiškėjo, kad Kremlius beveik jokių esminių nuolaidų karaliui S. B. nedaro, tai seimas po ilgų derybų sutiko balsuoti už kreditus karui. S. B. jau vėl žygiuojant prieš Maskvą, dar Vilniun atvyko nauja Jono IV delegacija, su kuria irgi nebuvo galima susitarti. Greitai Jonas IV išsiuntė kariuomenę pulti Padnieprį, o po to ir pats atsisakė nuo visų savo anksčiau darytųjų nuolaidų. Po to S. B. nusistatė žygiuoti prieš Pliskuvą (Pskovą), vyriausiu kariuomenės vadu skirdamas Zamoiskį. Pakeliui į Pliskuvą buvo paimtas Ostrovas, o 1581 VIII 25 prasidėjo Pllskuvos puolimas. Tuo pačiu laiku Kristupo Radvilos vedama Lietuvos kariuomenė ne tik atrėmė rusus iš Padnieprės bet ir puolė sritis į šiaurę ir rytus. Taip paraližavęs rusų galimybę siųsti didesnių pajėgų prie Pliskuvos, pats Radvila su savo kariuomene nuvyko į Pliskuvą, kuri dėl Radvilos žygių nuo Maskvos buvo visai atkirsta. Jonas IV padėtį matė kritišką, ir todėl daug tikėjosi iš derybų, tarpininkautų popiežiaus atsiųsto tarpininko Antonio Possevino, per kurį popiežius Grigalius XIII tikėjosi patraukti Joną IV su visa valstybe katalikybėn ir padėti sulipdyti taiką tarp Jono IV ir S. B. Possevino pasiekė, kad abudu priešai juo tarpininku pasitikėjo ir per savo atstovus sutiko derėtis vietovėje Jam Zapolskij, kuri į rytus nuo Ostrovo. Derybom prasidėjus, S. B. išvyko nuo Pliskuvos vyriausiąją kariuomenės vadovybę pavedęs Zamoiskiui. O Jonas IV per derybas su S. B. tikėjosi atgauti ir tas Livonijos vietoves, kurios per karą buvo nuo Maskvos švedų atimtos. Po ilgų derybų 1582 I 15 buvo pasirašytos 10 metų paliaubos, kurių įrašytomis sąlygomis Maskva atsisakė nuo Livonijos, Polocko ir Veližo, o S. B. įgaliotiniai nuo Velikie Lūki ir kitų 1580 užimtųjų sričių. Sebežas atiteko Maskvai. Švedų užimtos Livonijos dalies klausimas pasiliko galutinai neišspręstas. Su S. B. susitaikęs, Jonas IV apie Possevino siūlomąjį bažnyčių susijungimą ir kalbėti jau nebenorėjo.
Livonijos sutvarkymas. Karui pasibaigus, S. B. teko sutvarkyti ir Livonijos reikalą. Nespręsdamas ginčo, kam (Lietuvai ar Lenkijai) turi Livonija priklausyti, S. B. , ,1582 III nuvykęs Rygon, Livonijos vietininku paskyrė Vilniaus vyskupą Jurgį Radvilą, o pilių komendantais daugiausia lenkus. Bet ne visa Livonija buvo S. B. rankose, nes Kuršą valdė Lietuvos ir Lenkijos vasalas Gothardas Ketler, Pilteno vyskupiją vasalo teisėmis valdė Magnus, o Livonijos šiaurės dalis buvo švedų rankose. S. B. valdomos žemės buvo jo padalintos į Kėsų, Tartu (Dorpato) ir Pernavos prezidentūras-vaivadijas su savarankiškais seimeliais. Buvo pripažinta teisė išpažinti protestantizmą. Jėzuitų spiriamas, S. B. rūpinosi ir katalikybe, ir Kėsų mieste įkūrė naują katalikų vyskupiją ir net ją viskuo gausiai aprūpino. Rygoje ir kitose vietovėse daug bažnyčių buvo katalikams grąžinta ir tuomet nemaža žmonių, ypač valstiečių, sugrįžo katalikybėn. Kadangi karų laikais daug buvusių ordino ir arkivyskupo žemių pateko į privatines rankas, tai S. B. paskelbė vad. redukciją — tų žemių atėmimą valstybės naudai. Be to, sušaukęs 1586 Livonijos landtagą Rygoje, S. B. pareikalavo, kad dvarininkai palengvintų valstiečiams baudžiavą ir mokesčius ir liautųsi juos mušti lazdomis ir rykštėmis. Dvarininkams besipriešinant, S. B. buvo pagrasęs jiems atimti senas privilegijas, tik karaliaus mirtis to neleido.
1584 pabaigoje S. B. teko susiremti ir su Rygos miestu, kuriam jau anksčiau jis buvo palikęs senąją savivaldybę. Konfliktas iškilo, kada 1584 nuo Kalėdų buvo priimtas Grigaliaus XIII kalendorius. Nors miesto valdyba tą reformą priėmė, bet suagituotos gyventojų masės ir Kalėdas šventė senuoju stiliumi, ir sukilo, ir paskyrė naują miesto valdybą, ir padarė tokią padėtį, kad net teko į Rygą sutraukti kariuomenės ir ruoštis ginklu malšinti triukšmaujančiuosius. Karaliui tuo laiku mirus, miestas buvo naujo karaliaus Zigmanto Vazos ramesnėmis priemonėmis nuramintas.
S. B. ir katalikų bažnyčia. Dar būdamas Transilvanijoje, S. B. norėjo būti tolerantus visoms tikyboms, ir Lenkijoje pradžioje buvo suprasta jį į protestantizmą: belinkstant. Lenkijon atvykęs, jis greitai susiorientavo, kas besideda, nes jį palaikiusieji protestantai neturėjo lenkuose kokios realios jėgos. Ir S. B. tuojau pasuko katalikų bažnyčios pusėn. Bet, kai jo paties 1579 V 19 Piotrkove sušauktas Lenkijos bažn. sinodas, priėmęs visus Tridento susirinkimo nutarimus, suprotestavo prieš 1573 Varšuvos konfederacijos nutarimą apie tikėjimo laisvę, S. B. pareiškė griežtai laikysiąsis Varšuvos konfederacijos nuostatų dėl tikė-