lietuvių laikraščiai kartoja jo atsišaukimą rinkti pasakas. To atsišaukimo vaisius — naujas pasakų rinkinys Lietuviškos pasakos įvairios, kurių I tomas pasirodė 1903, antras ir trečias 1904, ketvirtas 1905. Tuo pačiu laiku atgaivindamas Aušros laikais kilusią mintį, 1901—1902 per visus lietuviškus laikraščius paleidžia raginimą kurti specialią etnografišką draugiją. Bet ją gavo realizuoti, tiesa, platesniu mastu, tik 1907 Vilniuje įsteigęs Lietuvių mokslų draugiją. Amerikos, leidėjas Olšauskis, B. raginamas, buvo jau sutikęs leisti specialų lietuvių etnografijai skiriamą laikraštį, bet, pabūgęs nuostolių, atsisakė, ir ta mintis buvo įvykdyta tik iš dalies Lietuvių Tautoje, o faktiškai per keletą metų po B. mirties — Mūsų Tautosakoje 1930—1935, 1935—1939 Tautosakos Darbuose. Rinkdamas pasakas, drauge rinko ir dainų: 1899 mažą naujų Ožkabalių dainų rinkinį išsp. Vienybėje Lietuvninkų, 1902 Dirvoje du tomus 420 Ožkabalių dainų. 1903 rinkinys Iš gyvenimo (viršelyje „lietuviškųjų”) vėlių bei velnių pasilieka ligšiol neužvaduojama medžiaga lietuvių mitologijai tirti. Toks jo darbas buvo dirbamas, ir Vilniuje jam begyvenant. Jam pavyko į Lietuvių mokslo draugijos rinkinius sutraukti iš įvairių Lietuvos vietų ir žmonių daugybę medžiagos, kurios dalį spausdino savo trakiškose studijose (Levas lietuvių pasakose ir dainose, 1907—1919), iš dalies kituose raštuose, su tautosaka susijusiuose: Gamta lietuvių dainose ir pasakose 1915, Ką lietuvių dainos žino iš Lietuvos ir kitų kraštų geografijos bei etnografijos 1923, Vilniaus lietuvių dainos 1925, 1926 Lietuvių raudos.
Be šių darbų, B. parūpino ir kitų darbų, kuriuos spausdino nuo Aušros laikų: Apie senovės Lietuvos pilis (piliakalnius), Iš Aušros gyvenimo — Aušros atsiradimo istorija (1903 Varpe ir ypatingai plačiai ir dokumentuotai 1903 Vienybėje Lietuvninkų ir atskira brošiūra 1923). Renka ir spausdina medžiagą lietuvių rašytojų biografijoms — Vincui Pietariui (Medega d-ro V. Pietario biografijai 1903 Dirvoje-Žinyne ir Dr. Vincas Pietaris — Iš mano atsiminimų 1905), Jurgiui Sauerveinui, kuriam ypač daug medžiagos surinko, 1905 grįždamas iš Bulgarijos Lietuvon, ir sudėjo į du tomus (vienas biografija, kitas Sauerveino raštai, 1922 parašyti tomai ligšiol rankraščiu lieka) ; A. Strazdui (Prie kun. A. Strazdo biografijos 1908, 1910 ir 1911); P. Vileišiui ir V. Staniškiui (Iš dr. Basanavičiaus archyvo Mūsų Senovėje 1922); 1924 atskira knygele išleido Spaudos 1864 metų uždraudimas, jojo pasekmės ir reikšmė. .1912 A. Jaroševičiaus Lietuvių kryžių albumui parūpino prakalbą apie Lietuvių kryžius archeologijos šviesoje, kurią išplėtė sukėlusią daug ginčų knyga: Iš krikščionijos santykių su senovės lietuvių tikyba arba kultūra. 1907 I Lietuvių Tautos tome išsp. Baudžiava Lietuvoje I Bartininkų kraštas ir Karaliaus Mindaugo žymėspaudis, 1908 ten pat Kaip lietuvių senovėje vandenimis keliauta, Kunigaikštis Kęstutis ant savo žymė-spaudžių, 1909 Lietuviškoji kalba valstybės raštuose, Iš Seinų vyskupystės istorijos, 1916 Apie Vištytį ir jo istoriją, 1921 Iš Palangos istorijos (atskirai 1922), Akmens ir vario bei žalvario kultūra lietuvių dainose ir pasakose.
Pats B. žymiausių darbu laikė savo tyrinėjimus apie „trakų-prygų tautystę ir jų atsikėlimą Lietuvon”.Šia kryptimi jis nuėjo tik Bulgarijoje atsiradęs ir susidūręs su senosios to krašto kultūros liekanomis ir jų, jam neabejotinu, panašumu į lietuvių kultūrą, kalbą, vietos vardus, papročius ir tt. Šiai savo hipotezei įrodyti jis skyrė daugiausia laiko ir darbo, rinko visą amžių medžiagą, peržiūrėjo turtingiausias užsienio bibliotekas, parašė daugiausia tuo reikalu raštų, bet nei savųjų, nei svetimųjų mokslininkų jam įtikinti nepavyko. Tačiau darbas nebuvo bergždžias, nes visur jis iškėlė daugybę medžiagos, be kurios nė vienas Lietuvos proistorės tyrinėtojas negali išsiversti. Iš tos rūšies jo darbų žymesni: Žipo-.nas bei žiponė 1885, Žirgas ir vaikas 1885, Etnologiškos smulkmenos 1893, Lietuviškai-Trakiškos studijos 1898, Prie historijos mus.un rašybos 1899, Levas lietuvių pasakose ir prygiškai-trakiškoje dalioje 1907— 1919, Apie trakų prygų tautystę ir jų atsikėlimą Lietuvon 1921, Trakų kalbos likučiai vietų varduose lietuvių kalbos šviesoje 1925, Iš senovės lietuvių mytologijos 1916.
Viešasis darbas Vilniuje. B. atvažiavo Vilniun pačiame 1905 revoliucijos įkarštyje. Pradėjo kurtis naujos ar persiorganizuoti senos politinės srovės, ėmė nustatinėti naujas programas, naujus šūkius, stengėsi tuos šūkius įgyvendyti. B. tam darbui nepaliko svetimas. Jo vaidmuo prieškariniame lietuvių politiniame gyvenime buvo dvilypis: kaip „moralinis lietuvių prezidentas”, jis stovėjo augščiau už partijas ir visur buvo keliamas pirmon vieton, kai tuo ar kitu būdu reikėjo reprezentuoti lietuvių tautai; žmogus tam tikrų politinių pažiūrų, jis stengėsi jas gyvendyti, kaip tai darė ir kitų srovių žmonės. Iš pradžių nevisai sugebėjęs atskirti tuodu savo vaidmeniu, jis buvo įsivėlęs į politinius ginčus su kitų srovių žmonėmis. Tačiau šiaip jau pats abu tuodu vaidmenis stengėsi skirti, savo asmens politinį veikimą paprastai pridengdamas slapyvardžiais ar bevardžiais raštais. 1905 VIII 13 jis tarėsi su Davainiu Silvestraičiu kurti Lietuvių Tautą, kaip mokslo organą, tačiau pirmą tomą pavyko jam išleisti tik 1907. 1905 IX11 tarėsi dėl Lietuvių